A Pró-Reitoria de Ensino (PROEN) é um órgão executivo central, integrante da administração superior, responsável pelo planejamento, coordenação, supervisão, execução e avaliação de todos os projetos e atividades na área de ensino de nível básico, técnico e superior do Instituto Federal Catarinense.

À Pró-Reitoria de Ensino (PROEN), compete às políticas e atividades de ensino, articuladas à pesquisa e à extensão, bem como as políticas e os programas estudantis, tendo como diretrizes a humanização do acesso e da produção do saber, a diversidade, a inclusão social, o desenvolvimento integral da pessoa, a responsabilidade socioambiental e a inserção do IFC junto à comunidade regional, com integração das diversas áreas de conhecimento ao mundo do trabalho (PDI 2024-2028).